この前宮脇さんという人のギター理論本を買ったのだけどすごく分かりやすいです。
指板を度数で見るということでスムーズにコードを考えられるようになりましたね。

例えば、「A7」は1st、3rd、5th、m7thという音で構成されています。
それに対して普通のAコードは1st、3rd、5thの三つの音で出来ていますから、これにm7thを足せばA7が出来上がるわけですね。(ここら辺は当たり前ですが)
ギターにおいてはAのセーハコードは6弦から順に1st、5th、1st、3rd、5th、1stの音を押さえていることになりますから、三つの1stのうち、どれか一つをm7thにずらせばA7になります。
この場合は4弦の指をどかせば1stがm7thになるのでそれで完成するんですね。

「C9」の場合でいうと、1st、3rd、5th、m7th、9thという音から構成されているのに対し、普通のCのセーハコードは5弦から順に1st、5th、1st、3rd、5thです。
で、これは1st→m7th、3rd→9th(2nd)という変化が考えられるので4弦の5th→3rd、3弦の1st→m7th、2弦の3rd→9thの位置に指を移動します。

文字で言っても分かりにくいと思いますが、まあこんな感じで頭の中でコードを整理できるようになるだけで大分違うんじゃないでしょうか。

コード進行の理論とかも分かりやすく解説してくれてるんで、今からギター理論を学ぶ人にはお勧めです。